این پژوهش با توجه به اجرای نسخه (۰۱) برنامه پزشکی خانواده و نظام ارجاع در مناطق روستایی و مناطق شهری زیر بیست هزار نفر و اجرای آزمایشی نسخه (۰۲) نظام ارجاع در مناطق شهری استان مازندران و فارس تدوین شده و به بررسی چالش‌های نسخه (۰۳) برنامه پزشکی خانواده و نظام ارجاع پرداخته است. در این پژوهش، اسناد و مطالعات انجام‌شده در حوزه پزشکی خانواده و نظام ارجاع و هم‌چنین گزارشات دستگاه‌های مربوطه مانند وزارت بهداشت در رابطه با این موضوع مورد بررسی قرار گرفته‌است.
در این مطالعه، ابتدا پژوهش‌های صورت گرفته در رابطه با اجرای برنامه پزشکی خانواده در ایران از طریق پایگاه‌های اطلاعاتی Google Scholar، PubMed و … مورد بررسی قرار گرفته و در چارچوب الگوی ۲۰۰۶ سازمان بهداشت جهانی (Building Block) مسائل و چالش‌های این برنامه احصا گشت. در گام بعدی این مسائل و چالش‌ها در قالب جلسات بحث گروهی (Focus Group Discussion) تحلیل شده و نقطه نظرها و پیشنهادات اجرایی آن در قالب گزارش سیاستی تدوین شدند.
بر اساس این گزارش، با توجه به اجراي چندين باره برنامه پزشكي خانواده و نظام ارجاع و اشكالات فراوان در اجراي اين برنامه و عدم دستیابی به اهداف مطروحه که باعث ايجاد ذهنيت نامناسب نسبت به برنامه پزشكي خانواده و نظام ارجاع شده است، بايد در اجراي نسخه (۰۳) برنامه پزشكی خانواده و نظام ارجاع كمال احتياط را اعمال کرده و حتی‌الامكان چالش‌ها، نارسايی‌ها و ايرادات برنامه مذكور رفع گردد.
با توجه به پژوهش‌های و بررسی‌های صورت گرفته در رابطه با نسخه (۰۳) برنامه پزشکی خانواده و نظام ارجاع، چالش‌ها و موانع اجرای برنامه مذکور در کشور به شرح ذیل است:
۱) نیازسنجی و بسته خدمات سلامت
نیازسنجی سلامت در نسخه (۰۳) شیوه‌نامه پزشکی خانواده و نظام ارجاع در مناطق شهری دیده شده است؛ ولی با توجه به اهمیت بسيار زياد آن، باید با جزئیات بیشتری به آن پرداخت. جهت انجام این مهم باید كميته‌ای تشكيل شده تا به‌صورت مداوم اقدام به نيازسنجی نموده و از نتايج حاصل از آن در سياست‌گذاری و برنامه‌ريزی برای برنامه پزشكی خانواده و نظام ارجاع استفاده شود.
۲) تأمین مالی و ضمانت اجرایی برنامه
با توجه به تجربه طرح‌های كلان گذشته مانند طرح تحول سلامت، در نظر گرفتن بودجه ساليانه به عنوان منبع مالی پايدار طرح، اشتباه بزرگی بوده و نمی‌تواند اجرای تمام و كمال و بلندمدت آن را تضمين نمايد. هم‌چنين يكی از منابع تأمين اعتباری كه برای برنامه پزشكی خانواده و نظام ارجاع در نظر گرفته شده‌است، بيمه‌ها هستند كه با توجه به وضعيت نابه‌سامان سازمان‌های بيمه‌گر پايه و معوقات آن‌ها، امكان تزريق اعتبار مورد نياز را به طرح مذكور ندارند.
۳) اجرای راهنماهای بالینی
با توجه به لزوم نظارت بر برنامه و اجرای راهنماهای بالينی در نظام ارجاع، آغاز اجرای برنامه پزشكی خانواده و نظام ارجاع بدون راهنماهای بالينی بی‌معنا بوده و بلاشک اين برنامه به اهداف خود دست نخواهد هم‌چنين با توجه به مقاومت پزشكان و ساير كادر درمان در مقابل اجراي راهنماهاي باليني، پيشنهاد می‌شود ضمن فرهنگ‌سازی و اقناع تيم پزشکی خانواده، تدوین راهنماهاي بالينی به‌صورت هم‌زمان صورت گرفته و اجرای برنامه پزشکی خانواده و نظام ارجاع پس از آن آغاز شود.
۴) نظارت و ارزیابی عملکرد
ارزيابي عملكرد در نسخه (۰۳) برنامه پزشكي خانواده و نظام ارجاع، داراي جايگاه ويژه‌اي نبوده و بر روي آن تمركز نشده است. هم‌چنين سازوكار و شاخص‌هاي ارزيابي عملكرد در اين برنامه بايد با توجه به نسخه (۰۳) مورد بازبينی قرار گرفته و اصلاح شود.
۵) آموزش پزشکی
برهم خوردن نسبت نیروهای متخصص در مقابل نیروهای عمومی، تمرکز بیش از اندازه محتوای آموزشی بر درمان بیماری‌ها، ضعف در توانمندسازی پزشکان برای مدیریت نظام شبکه و سیستم مراقبت‌های بهداشتی اولیه و فقدان آموزش در زمینه‌های علوم اجتماعی و انسانی از جمله مشکلات مربوط به آموزش پزشکی است که می‌بایست جهت اجرای صحیح پزشکی خانواده اصلاح گردند.
۶) فرهنگ‌سازی
در رابطه با اهمیت فرهنگ‌سازی در برنامه پزشکی خانواده و نظام ارجاع می‌توان به این مسئله اشاره کرد که بیماران به توانمندی پزشک عمومی و پزشک خانواده خود اعتماد کافی نداشته و مایل هستند به پزشک متخصص و فوق‌تخصص مراجعه کنند. این تخصص‌گرایی علاوه بر جامعه، در میان پزشکان نیز رواج داشته و تمایلی به پیگیری روند درمان از سطوح اولیه ندارند.